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Métodos tipo Car-Parrinello en el estudio de biomoléculas y superficies
Resumen: El presente rabajo de tsis secentra en laimplementación y aplicación de métodos tipo Car-Parrinello en el estudio de propiedades fisicoquímicas de sistemas complejos, particularmente sistemas que involucran cientos de átomos en su modelado, explotando de esta forma el supercómputo en paralelo y la eficiencia numérica de tal metodología para calcular... Tema: Functional analysis, Análisis funcional, Dinámica molecular, and Molecular dynamics Creador: Ireta Moreno, Joel Colaborador: Galván Espinosa, Marcelo Enrique, Ramírez Solís, Alejandro, Santamaría Ortiz, Rubén, Cedillo Ortiz, José Andrés, and Cruz Jiménez, Salvador Antonio Editor: Universidad Autónoma Metropolitana Posgrado: Doctorado en Ciencias Quimica Idioma: spa Año de publicación: 1999 Derechos: Acceso Abierto Licencia: Atribucion-NoComercial 4.0 Internacional (CC BY-NC 4.0) Identificador: https://doi.org/10.24275/uami.f4752h288 -
Desarrollo de campos de fuerza para fluidos polares usando agua explícita
Resumen: Los campos de fuerza más utilizados en simulaciones de dinámica molecular han sido parametrizados para reproducir la densidad del líquido y la entalpía de vaporización de componentes puros, y en versiones más recientes se ha introducido la energía libre de solvatación como propiedad objetivo. Como consecuencia de este proceso de... Tema: Fluid mechanics, Dinámica molecular, Mecácnica de fluidos, and Molecular dynamics Creador: García Melgarejo, Valeria Colaborador: Quintana Hinojosa, Jacqueline, Benavides Obregón, Ana Laura, Chapela Castañares, Gustavo Adolfo, Alejandre Ramírez, José Reyes, and González Melchor, Minerva Editor: Universidad Autónoma Metropolitana Posgrado: Doctorado en Ciencias Quimica Idioma: spa Año de publicación: 2023 Derechos: Acceso Abierto Licencia: Atribucion-NoComercial 4.0 Internacional (CC BY-NC 4.0) Tipo de Recurso: info:eu-repo/semantics/doctoralThesis Identificador: https://doi.org/10.24275/uami.9g54xj24w -
Desarrollo de un campo de fuerzas para sistemas que se autoensamblan con puentes de hidrógeno
Resumen: Se sabe empíricamente que el agua y el aceite no se mezclan, puesto que se muestra una separación de dos fases líquidas de distinta densidad. La miscibilidad de una sustancia en otra, depende de la afinidad química que exista entre ambas sustancias. La miscibilidad no debe confundirse con la solubilidad:... Tema: Teoría de campos (Física), Molecular dynamics, Field theory (Physics), Electrostática, Electrostatics, and Dinámica molecular Creador: Pérez de la Luz, Alexander Colaborador: Alejandre Ramírez, José Reyes Editor: Universidad Autónoma Metropolitana Posgrado: Doctorado en Ciencias Quimica Idioma: spa Año de publicación: 2018 Derechos: Acceso Abierto Licencia: Atribucion-NoComercial 4.0 Internacional (CC BY-NC 4.0) Tipo de Recurso: info:eu-repo/semantics/doctoralThesis Identificador: https://doi.org/10.24275/uami.dj52w490s -
Estudio molecular de mezclas binarias con interacciones esféricas y no-esféricas
Resumen: En este trabajo se presenta una extensa revisión y nuevos resultados obtenidos en el campo de sistemas binarios con interacciones moleculares esféricos, tipo LennardJones y no-esféricos (anisótropos) tipo Gay-Berne. Este estudio se realizó´ utilizando la metrología de simulaciones moleculares, principalmente Dinámica Molecular. Con el objetivo de corroborar que los estados... Tema: Mixtures, Liquids, Dinámica molecular, Mezclas, Thermodynamics, Líquidos, Molecular dynamics, and Termodinámica Creador: Moreno Razo, José Antonio Colaborador: Cruz Jiménez, Salvador Antonio, Quintana Hinojosa, Jaqueline, Velasco Belmont, Rosa María, Rojas González, Fernando, Hernández Contreras, Martín, and Díaz Herrera, Jesús Enrique Editor: Universidad Autónoma Metropolitana Posgrado: Doctorado en Ciencias Quimica Idioma: spa Año de publicación: 2007 Derechos: Acceso Abierto Licencia: Atribucion-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0) Tipo de Recurso: info:eu-repo/semantics/doctoralThesis Identificador: https://doi.org/10.24275/uami.cf95jb630 -
Análisis del acoplamiento o interacción de macrociclos tetrapirrólicos y albumina de suero bovino
Tema: Moléculas, Pyrroles, Molecules, Pirroles, Dinámica molecular, and Molecular dynamics Creador: Vicente Escobar, Jonathan Osiris Colaborador: García Sánchez, Miguel Ángel Editor: Universidad Autónoma Metropolitana Posgrado: Doctorado en Ciencias Quimica Idioma: spa Año de publicación: 2022 Derechos: Acceso Abierto Licencia: Atribucion-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0) Tipo de Recurso: info:eu-repo/semantics/doctoralThesis Identificador: https://doi.org/10.24275/uami.6m311p537 -
Interacciones moleculares y propiedades interfaciales de hidrocarburos y agua
Tema: Chemistry, Water, Hydrocarbons, Hidrocarburos, Química, Dinámica molecular, Agua, and Molecular dynamics Creador: Mendoza Ambrosio, Francisco Noé Colaborador: Galván Espinosa, Marcelo Enrique, Benavides Obregón, Ana Laura, Chapela Castañares, Gustavo Adolfo, Díaz Herrera, Jesús Enrique, and Saint Martin Posada, Humberto Editor: Universidad Autónoma Metropolitana Posgrado: Doctorado en Ciencias Quimica Idioma: spa Año de publicación: 2010 Derechos: Acceso Abierto Licencia: Atribucion-NoComercial 4.0 Internacional (CC BY-NC 4.0) Tipo de Recurso: info:eu-repo/semantics/doctoralThesis Identificador: https://doi.org/10.24275/uami.t722h902s -
Desarrollo de potenciales de interacción de solventes orgánicos basados en la constante dieléctrica
Resumen: La propuesta principal del presente trabajo doctoral es validar una metodología para desarrollar nuevos parámetros en los potenciales de interacción mediante simulaciones de Dinámica Molecular (DM), teniendo a la constante dieléctrica como propiedad a reproducir. Los sistemas moleculares elegidos en este trabajo fueron la acetamida, un solvente altamente polar y... Tema: Chemistry, Organic, Química orgánica, Funcionales de densidad, Organic solvents, Dinámica molecular, Solventes orgánicos, Density functionals, and Molecular dynamics Creador: Aguilar Pineda, Jorge Alberto Colaborador: Ortega Blake, Iván, Galván Espinosa, Marcelo Enrique, Quintana Hinojosa, Jacqueline, Chapela Castañares, Gustavo Adolfo, Ireta Moreno, Joel, and Alejandre Ramírez, José Reyes Editor: Universidad Autónoma Metropolitana Posgrado: Doctorado en Ciencias Quimica Idioma: spa Año de publicación: 2017 Derechos: Acceso Abierto Licencia: Atribucion-NoComercial 4.0 Internacional (CC BY-NC 4.0) Tipo de Recurso: info:eu-repo/semantics/doctoralThesis Identificador: https://doi.org/10.24275/uami.2v23vt62p -
Campos de fuerza para el agua y la dinámica de nucleación de iones en soluciones acuosas
Resumen: Esta tesis es concerniente al estudio, por medio de dinámica molecular, del desarrollo de nuevos campos de fuerza del agua así como de la implementación de un método computacional para obtener la velocidad de nucleación de iones en soluciones acuosas. Para el agua, un punto importante en este trabajo es... Tema: Interacciones ión-agua, Chemistry, Water chemistry, Nucleation, Dinámica molecular, Química del agua, Química, Molecular dynamics, and Nucleación Creador: Fuentes Azcatl, Raúl Colaborador: Domínguez Castro, Héctor, Saint-Martin, Humberto, Galván Espinosa, Marcelo Enrique, Alejandre Ramírez, José Reyes, and Chapela Castañares, Gustavo Adolfo Editor: Universidad Autónoma Metropolitana Posgrado: Doctorado en Ciencias Quimica Idioma: spa Año de publicación: 2014 Derechos: Acceso Abierto Licencia: Atribucion-NoComercial 4.0 Internacional (CC BY-NC 4.0) Tipo de Recurso: info:eu-repo/semantics/doctoralThesis Identificador: https://doi.org/10.24275/uami.jm214p19p -
Parametrización de Cu2+ en un campo de fuerzas y su aplicación a metalopéptidos
Resumen: En la búsqueda por generar metodologías que ayuden al estudio de sistemas biológicos que poseen metales de transición con técnicas como la mecánica molecular y la dinámica molecular, se han propuesto diversas estrategias para la parametrización de este tipo de sistemas. Un método de parametrización general y recientemente evaluado es... Tema: Dinámica molecular, Multiscale modeling, Molecular dynamics, and Modelado multiescala Creador: Monjaraz Rodríguez, Alejandra Colaborador: Vargas Fosada, Rubicelia, Pérez Hernández, Gerardo, Ireta Moreno, Joel, Domínguez Dueñas, Laura, López Lemus, Jorge, and Zubillaga Luna, Rafael Arturo Editor: Universidad Autónoma Metropolitana Posgrado: Doctorado en Ciencias Quimica Idioma: spa Año de publicación: 2018 Derechos: Acceso Abierto Licencia: Atribucion-NoComercial 4.0 Internacional (CC BY-NC 4.0) Tipo de Recurso: info:eu-repo/semantics/doctoralThesis Identificador: https://doi.org/10.24275/uami.rr171x32c -
Estudio computacional de cocristales de interés farmacéutico
Resumen: Esta tesis es concerniente al estudio, por medio de dinámica molecular, de sistemas cristalinos que surgen como una alternativa para mejorar las propiedades de fármacos convencionales que presentan una baja solubilidad en agua. La baja solubilidad de algunos fármacos es una limitación para el transporte y la absorción oral repercutiendo... Tema: Cristales moleculares, Intramolecular forces -- Computer simulation, Dinámica molecular, Fuerzas intramoleculares -- Simulación por computadoras, and Molecular dynamics Creador: Salas Sánchez, Frank José Colaborador: Zubillaga Luna, Rafael Arturo, Ireta Moreno, Joel, Hernández Cobos, Jorge, Moreno Razo, José Antonio, and Alejandre Ramírez, José Reyes Editor: Universidad Autónoma Metropolitana Posgrado: Doctorado en Ciencias Quimica Idioma: spa Año de publicación: 2017 Derechos: Acceso Abierto Licencia: Atribucion-NoComercial 4.0 Internacional (CC BY-NC 4.0) Tipo de Recurso: info:eu-repo/semantics/doctoralThesis Identificador: https://doi.org/10.24275/uami.6h440s46k
